Το Πειραματικό Σχολείο του Πανεπιστημίου Μακεδονίας ιδρύθηκε με απόφαση των Υπουργών Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων Φ. Πετσάλνικου και Οικονομικών Γ. Δρυ ύστερα από σχετική κοινή πρόταση της Πρυτανείας του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και της Β΄ Διεύθυνσης Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Θεσσαλονίκης.
Αρχικά λειτούργησε μόνο το Γυμνάσιο με τρεις τάξεις και έξι τμήματα, το σχολικό έτος 2000-2001. Οι πρώτοι απόφοιτοι του Γυμνασίου απετέλεσαν τους πρώτους μαθητές του (συνδεμένου) Πειραματικού Γενικού Λυκείου.
Το σχολείο στεγάζεται στην Γ' πτέρυγα του συγκροτήματος του πρώην Ενιαίου Πολυκλαδικού Λυκείου Θεσσαλονίκης, στην περιοχή Στρεμπενιώτη της Νεάπολης Θεσσαλονίκης.
Λειτουργεί με τη μορφή ανεξάρτητης σχολικής μονάδας, με ανεξάρτητη διεύθυνση και σύλλογο διδακτικού προσωπικού.
Το σχολείο ιδρύθηκε με σκοπό να υπηρετεί την παιδαγωγική επιμόρφωση και την πρακτική άσκηση στη διδακτική των μαθημάτων των εκπαιδευτικών της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης καθώς και τη θεωρητική και πρακτική εκπαίδευση των φοιτητών του Πανεπιστημίου.
Να προάγει, επίσης, την εκπαιδευτική έρευνα με την εφαρμογή καινοτόμων εκπαιδευτικών προγραμμάτων και μεθόδων διδασκαλίας, την πειραματική χρήση νέων σχολικών βιβλίων, την εφαρμογή νέων προγραμμάτων σπουδών και την χρήση οπτικοακουστικών και διαδραστικών μέσων εκπαιδευτικής τεχνολογίας.